دستگاههای طیف سنجی تبدیل فوریه در دو گستره ۸۰۰ - ۲۵۰۰ نانومتر (طیف سنجی زیرقرمز نزدیک) و ۲۵۰۰-۲۵۰۰۰ نانومتر (طیف سنجی زیر قرمز میانه) اطلاعات طیفی نمونه ها را ثبت میکنند. جذب نور زیر قرمز نزدیک و میانی هردو بر اساس ارتعاش مواد است. ویژگی بارز طیف سنجی زیر قرمز نزدیک عدم نیاز به مرحله آماده سازی نمونه است که این عامل سرعت آنالیز نمونه را نسبت به طیف سنجی میانه بیشتر میکند. در مقابل طیف سنجی زیر قرمز نزدیک به دلیل حضور اورتون ها و پیک های ترکیبی پیچیدگی اطلاعات طیفی بیشتری نسبت به طیف سنجی میانه دارد. بنابراین روشهای آنالیز داده نقش بسزایی در استخراج اطلاعات طیفی به خصوص در ناحیه زیر قرمز نزدیک دارد. از جمله مهمترین کاربردهای دستگاههای طیف سنجی در زمینه مواد غذایی میتوان به اصالت سنجی و شناسایی تقلب در مواد غذایی، در ایمنی مواد غذایی میتوان به غربالگری آلایندهها، تجزیه وتحلیل فلزات سنگین و در کنترل کیفیت مواد غذایی به نوشیدنی ها، گوشت و فرآورده های گوشتی، شیر و لبنیات اشاره کرد. همچنین این دستگاهها کاربر گستردهای در شناسایی داروهای تقلبی که حاوی مواد موثر ناکافی و یا به طور کلی فاقد ماده موثر و همچنین حاوی مواد سمی هستند دارند.